Alguns dos tipos de Chlamydia causam infeções genitourinárias e, se transmitidos durante a gravidez, podem causar conjuntivite ou pneumonia no recém-nascido. Outros provocam uma lesão genital conhecida como linfogranuloma venéreo, mais comum em países tropicais.

Nos homens, a infeção genital é habitualmente assintomática. Os indícios podem ser dor ou sensação de queimadura inespecíficas no períneo ou testículos ou corrimento uretral. Pode ainda ocorrer ardor ao urinar e surgir outras manifestações como epididimite, prostatite ou proctite. Também é possível aparecer a síndrome de Reiter, definida pela presença de artrite, conjuntivite e uretrite.

Nas mulheres, é também frequente a infeção não causar quaisquer sintomas. Em cerca de 20% surgem sintomas como corrimento, ardor e micções mais frequentes. Pode também ocorrer uretrite ou cervicite. Em algumas pacientes, surge a doença inflamatória pélvica, que se pode complicar sob a forma de infertilidade, gravidez ectópica ou oclusão das trompas.

No linfogranuloma venéreo a lesão primária surge no local de contacto com o microrganismo. Algumas semanas depois surge um gânglio inflamado e aumentado de volume (adenopatia, habitualmente unilateral). Estes podem crescer formando uma placa com tendência a ulcerar e com a possibilidade de cicatrizar provocando inchaço no membro atingido.

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